O Grande Mestre Huiracocha, em 1932, designou seu discípulo Giuseppe Cagliostro Cambareri para o representar no Brasil.Em decorrência, o mestre Cambareri reuniu um grupo de pioneiros, conectados com a Sociedade Teosófica (ramo do Brasil) apoiados por membros do Círculo Esotérico da Comunhão do Pensamento e, juntos, fundaram, na cidade de São Paulo, aos 27 dias do mês de fevereiro do ano de 1933, a denominada Loja Santo Graal, que foi a sucursal brasileira da Fraternitas Rosicruciana Antiqua (FRA) então, por eles instituída sob o título de Augusta Fraternidade Branca Rosa Cruz Antiga. 
Coube ao irmão maçom Joaquim Soares de Oliveira ocupar o cargo de Diretor-Secretário, ao qual, segundo a organização estatutária, incumbia substituir o Diretor-Presidente.
Foi na condição de Presidente que o irmão Joaquim Soares de Oliveira, auxiliado por alguns abnegados (mas, ainda, sob a supervisão do mestre Cambareri), trasladou para a cidade do Rio de Janeiro a sede provisória da Fraternitas Rosicruciana Antiqua (FRA), onde inaugurou a Aula Lucis Central (rua Garibaldi, bairro da Tijuca, aos 27 dias do mês de julho do ano de 1933 essa transferência foi realizada porque, naquela época, a cidade do Rio de Janeiro era a capital do Brasil).
Seis meses depois de sua fundação, em janeiro de 1934, a sede central (Aula Lucis Central) da Fraternitas Rosicruciana Antiqua (FRA) mudou-se para a rua Desembargador Isidro, nr 166, bairro da Tijuca; e, a seguir, para o prédio próprio (outubro de 1938) na rua Saboia Lima, nr 77, bairro da Tijuca - sob a gestão do irmão Joaquim Soares de Oliveira, que fora designado como Representante Geral do Summum Supremum Sanctuarium (S.S.S.), no Brasil, pelo mestre Cambareri (quando este retornou à Europa, ainda em setembro de 1933).
A sucessão dos fatos concernentes à Igreja Gnóstica no Brasil foi marcada por um episódio peculiar.Isso porque o Soberano Comendador da Fraternitas Rosicruciana Antiqua (FRA), o Grande Mestre Huiracocha (doutor Arnold Krumm-Heller), ao realizar uma visita ao país (tendo desembarcado no porto da cidade do Rio de Janeiro em 1º de novembro de 1936), deliberou instituir uma sucursal da Igreja.
Então, aos 2 dias do mês de novembro do ano de 1936, na rua 
Desembargador Isidro, n2 166, Tijuca, Rio de Janeiro, foi criada a Igreja Gnóstica no Brasil.
Desembargador Isidro, n2 166, Tijuca, Rio de Janeiro, foi criada a Igreja Gnóstica no Brasil.Naquele dia seguinte ao de sua chegada ao Brasil, atendendo ao anseio da irmandade, o Soberano Comendador da Fraternitas Rosicruciana Antiqua (FRÂ) confirmou as diligências formais antecipadas pelo irmão Joaquim Soares de Oliveira e, como Patriarca da Igreja Gnóstica, celebrou a cerimônia do matrimônio religioso de dois casais, constituídos por membros da Aula Lucis Central e por suas respectivas cônjuges civis.
Na Gnose de 27 de Setembro de 1936, divulga:“O nosso eminente e venerado Mestre, Sr. Dr. Arnold Krumm-Heller, embarcará no dia 12 de Outubro, no Vapor General Artigas, devendo chegar na cidade do Rio de Janeiro nos primeiros dias de Novembro.”
Antes de regressar à Alemanha (dezembro de 1936), o Patriarca Huiracocha sagrou alguns sacerdotes locais e, mais adiante, confirmou o irmão Joaquim Soares de Oliveira (que adotou o título de sacerdote Thurizar) como dirigente da Fraternitas Rosicruciana Antiqua (FRA) e como Representante Geral do Summum Supremum Sanctuarium (S.S.S.) no país além de ungir Bispo o sacerdote Thurizar, logo designado para assumir a Diocese da Igreja Gnóstica no Brasil.
Obs: a Carta ortorgando o Mestre Thurizar como Comendador da FRA para o Brasil estão com partes de texto ocultas para evitar falsificações por se tratar de um documento escrito pelo próprio mestre Huiracocha.De acordo com preceitos estatutários, a Igreja Gnóstica no Brasil ficou sob o abrigo e a coordenação da Fraternitas Rosicruciana Antiqua (FRA).
No dia 19 de maio de 1949 (com 73 anos de idade), ocorreu o infausto falecimento do Grande Mestre Arnold Krumm Heller, que era o Soberano Comendador da Fraternitas Rosicruciana Antiqua (FRA) e Patriarca da Igreja Gnóstica.
Com a morte do Mestre Huiracocha, Parzival seu filho assumiu o cargo mas não por muito tempo com uma decisão infeliz levado por questões pessoais renunciou o cargo de Lider Mundial a Aureolus que também não teve sucesso em manter uma unificação Internacional. Com isso não houve mais um comando mundial da FRA, deixando muitos grupos isolados e com pouco progresso, mesmo assim Parsival foi uma pessoa merecedora de todo respeito, pois jamais fez nada que pudesse denegrir as obras ou o nome do seu pai.
A FRA no Brasil manteve certa distancia critica de algumas das instituições congêneres criadas pelo Mestre Huiracocha em outros países do mundo, pois por problemas políticos internos muitas acabaram outras se dividiram e alguns grupos passaram a vender comendas e títulos.
Porém, no Brasil a FRA progredia em organização mantendo os ensinamentos do Mestre Huiracocha juntamente com a Igreja Gnóstica em atividade ininterrupta, provando que a intenção original do Mestre Huiracocha estava certo quando depois da Segunda Grande Guerra, o Mestre mostrou desejo de transferir a Direção Suprema - o Summum Supremum Sanctuarium - para o Planalto Central do Brasil, tendo enviado ao Brasil seu discípulo - o Dr. Albert Wolff - para dar prosseguimento ao seu desejo. Infelizmente o Dr. Wolff faleceu, no Brasil, antes de poder realizar sua missão em terras brasileiras e a dificil situação socio, politica e econômica do Brasil na época inviabilizava a transferência da Sede do Rio para o planalto central ficando a Aula Lucis Central no Rio de Janeiro até hoje.
A FRA no Brasil por ser uma organização autêntica e não sectária e muito menos dogmática, atraiu para suas fileiras muitos iniciados que desejavam colaborar com a obra do Mestre Huiracocha um deles foi o Dr. Jorge Adoum ( Mago Jefa), que veio enriquecer com seus ensinamentos e práticas a nossa Fraternidade.Quando, em companhia do saudoso irmão Paulo Carlos de Paula (bispo Miguel), realizava uma viagem ao Chile e à Argentina para consolidação dos laços continentais sul-americanos, junto aos irmãos Julián Elias Bucheli (Hagal) - de Santiago, e Jorge Adoum (mago Jefa) - de Guaiaquil, de volta ao país, na cidade de Mendoza (Argentina), faleceu o Mestre Thurizar, Soberano Comendador da Fraternitas Rosicruciana Antiqua (FRA) no Brasil e bispo diocesano da Igreja Gnóstica no Brasil, aos 9 dias do mês de julho do ano de 1946 (com incompletos 47 anos de idade, pois nascera no dia 6 de outubro de 1899).
Para suceder-lhe, como Soberano Comendador da Fraternitas Rosicruciana Antiqua (FRA) no Brasil, assumiu tais funções, e tão insigne missão, o doutor Duval Ernâni de Paula (na época, bispo Coaracyporã). Em reunião transcorrida no dia 30 de outubro de 2004, realizou-se o concilio, convocado para deliberar sobre a consolidação das normas e regulamentos que se aplicam à atual organização da Igreja Gnóstica no Brasil. Naquela reunião foram aprovadas as atribuições internas da hierarquia eclesiástica, assim como as rotinas gerais da estrutura organizacional da Igreja Gnóstica no Brasil. Por fim, a assembleia apreciou sobre a substituição dos antigos estatutos, considerando que a Fraternitas Rosicruciana Antiqua (FRA) permanece desligada de qualquer vinculação administrativa com as autoridades constituídas fora do Brasil, desde a morte do pranteado irmão, Soberano Comendador Arnold Krumm-Heller (transcorrida em 19 de maio de 1949): e, pelo voto unânime dos membros presentes, foi decidida a aprovação dos novos estatutos, alterando a razão jurídica da entidade, que passou a chamar-se ECCLESIA GNÓSTICA DO BRASIL (EGB).
Consequentemente, em cerimônia realizada por ocasião do solstício de Capricórnio, ocorrido no mês de dezembro de 2002 (que ocorreu no dia 21 daquele mês de dezembro), o Arcebispo Coaracyporã, médico doutor Duval Ernâni da Paula, foi consagrado como Patriarca da Ecclesia Gnóstica do Brasil (EGB).
Antes de completar 98 anos de idade, em 22 de julho de 2005 (nascido em 1907), quando a Fraternitas Rosicruciana Antiqua (FRA) deveria comemorar (em 27 de julho) 72 anos de existência no Brasil (1933 a 2005) e 58 anos de seu comando profícuo à frente da respectiva Ecclesia Gnóstica, o Soberano Comendador e Patriarca Coaracyporã fez sua passagem da vida terrena (no dia 7 de julho de 2005).
Em 21 de março de 2018 o Dr. Alair Pereira de Carvalho alegando motivos de saúde renuncia ao cargo de S. Comendador, indicando para o cargo o Sr. Luiz Carlos A. Martins (Bispo Basilides) que passa a ser o Soberano Comendador da Fraternitas Rosicruciana Antiqua do Brasil.A estrutura atual da Ecclesia Gnóstica do Brasil (EGB) compõe-se de membros leigos, constituídos por fiéis, apoiadores, zeladores anfitriões e outros; assim como de membros eclesiásticos compreendidos por acólitos, diáconos, sacerdotes, priores, bispos, arcebispos e Patriarca que é a autoridade máxima, litúrgica e administrativa, sob cujo comando os demais participantes estão subordinados.
Consideram-se fiéis as pessoas, filiadas ou não à Fraternitas Rosicruciana Antiqua (FRA), que frequentem, regularmente, as atividades litúrgicas da Ecclesia Gnóstica do Brasil (EGB).
Os cargos e as funções, especialmente em se tratando de exercício previsto na organização formal, são privativos dos membros iniciados na Fraternitas Rosicruciana Antiqua (FRA).
Os componentes do corpo eclesiástico são preparados e sagrados em consonância com as normas regimentais vigentes, que dispõem sobre o funcionamento da instituição.
A Ecclesia Gnóstica do Brasil (EGB), em sessões públicas, realiza os sacramentos da eucaristia e do batismo. Também celebra a cerimônia do casamento.A cerimônia litúrgica da eucaristia tem lugar no ritual da missa, habitualmente aos domingos (iniciando-se às 9:00 horas).
As celebrações de batismo e casamento são agendadas previamente, sempre de acordo com as normas internas da Ecclesia Gnóstica do Brasil (EGB) as demais atividades são geridas em conformidade com programação própria.
Os sacramentos da Ecclesia Gnóstica do Brasil (EGB) não são remunerados; também seus oficiantes e auxiliares não o são. As atividades na Ecclesia Gnóstica do Brasil (EGB) são voluntárias e gratuitas.
Em parte do Credo cristão, de acordo com o ritual da missa na Ecclesia Gnóstica do Brasil (EGB), o Oficiante pronuncia a confissão:
Creio na Unidade de Deus.
Creio no Pai, como entidade impessoal, inefável, não revelada, que ninguém viu, mas cuja Força, Potência Criadora, foi e é plasmada no ritmo perene do Céu e da Terra.
Creio no Filho, como Tesouro de Luz, Chrestos manifestado em Jesus.
Creio na transmutação do pão material em Substância espiritual.
Conheço e reconheço a Essencialidade Cristônica da Vida, concebida como um todo, sem fim cronológico, que abarca uma órbita fora do Tempo e do Espaço".
Também, no ritual da missa gnóstica, o Oficiante suplica:
"Senhor! Bendize-nos e alenta os átomos construtores do corpo humano, pois conheço o sagrado mistério da crucificação do espírito na matéria crucificação dada ao mundo para tornar infinitas as coisas anteriormente limitadas, e unir, em santa fraternidade, todas as criaturas de puro e nobre coração, a fim de alcançarem a Luz...
Ainda, no ritual da missa gnóstica, o Oficiante profere:
"Benditos sejam os que viveram antes de nós... os que estão conosco... e os que virão depois"...
Assim seja... Amém.
A FRA no Brasil considera que todo ensinamento agregado a obra desde que seja de fonte autêntica e não desvirtue os ideais do Mestre Huiracocha como ensinamentos do nosso saudoso Mestre Coaracyporã, Mestre Cambareri, Mestre Thurizar, Mestre Jorge Adoum, Bispo Miguel e também os ensinamentos da nossa co-irmã F.R.C (Fraternitas Rosae Crucis) e que são facultativos aos irmãos iniciados, confirma a Grande Lei do Universo que é a de servir e colaborar na evolução da humanidade libertando o homem de suas prisões internas, independente de sectarismos e fanatismos religiosos e ilusões místicas que só servem para alimentar o reino do inimigo secréto e estagnar o pensamento de liberdade do ser humano, já que na nova era o papel das fraternidades autenticas que romperam o século 21 é a de preparar o aspirante para se libertar do passado e prepara-los para o futuro onde a humanidade se encontrará com as forças da natureza sem precisar de intermediários ou mentores e a Fraternidade Rosacruz Antiga esta integrada neste papel há mais de oitenta anos.
Todos os símbolos da FRA são registrados no Brasil não tendo terceiros a autorização de seu uso sem a permissão de nosso Soberano Comendador Basilides.
A FRA não reconhece a existência de qualquer instituição ou pessoa no Brasil que se diga herdeira da tradição do Mestre Hiuracocha, que não tenha legitimidade na linha de sucessão dos mestres Huiracocha/Thurizar.